Norra Karelen har sammanlagt 4 895 sjöar. Landskapets största sjöar är Pielinen, Orivesi (Saimen), Puruvesi (Saimen), Pyhäselkä (Saimen) och Höytiäinen. Flest sjöar finns i Lieksa, Joensuu, Ilomants, Heinävesi och Juga. De största älvarna i Norra Karelen är Pielisjoki, Lieksanjoki, Koitajoki, Valtimonjoki och Jongunjoki.
I Norra Karelen finns inga skärgårdskommuner. Däremot är Juuka, Kitee, Lieksa, Liperi och Rääkkylä kommuner med skärgårdsdelar.
I landskapet finns totalt 12 974 öar med en sammanlagd yta på cirka 614 km². Flest öar finns i Ilomants, Lieksa, Heinävesi, Joensuu och Kitee. Bland de största öarna finns Oravisalo, Varpasalo, Paalasmaa, Niinisaari och Suitsansaari.
Enligt Suomen ympäristökeskuss klassificering av skärgårdsområden omfattar Norra Karelens skärgårdsområde totalt 4 839 km². Drygt hälften av området består av innerskärgård, medan drygt en tredjedel utgörs av skärgårdsliknande fastlandsområden. Drygt en tiondel hör till mellanskärgården.
Skärgårdsområden finns särskilt i Heinävesi, Lieksa, Kitee, Liperi, Rääkkylä och Juuka, men också i Ilomants, Nurmes, Polvijärvi, Outokumpu, Joensuu och Kontiolahti.





