Pohjois-Karjalan alueella sijaitsee yhteensä 4 895 järveä. Maakunnan suurimmat järvet ovat Pielinen, Orivesi (Saimaa), Puruvesi (Saimaa), Pyhäselkä (Saimaa) ja Höytiäinen. Maakunnan järviä sijoittuu eniten Lieksaan (1 114), Joensuuhun (779), Ilomantsiin (636), Heinävedelle (411) ja Juukaan (411). Pohjois-Karjalan suurimmat joet ovat Pielisjoki, Lieksanjoki, Koitajoki, Valtimonjoki ja Jongunjoki.
Pohjois-Karjalassa ei ole saaristokuntia. Sen sijaan saaristo-osakuntia ovat Juuka, Kitee, Lieksa, Liperi sekä Rääkkylä.
Pohjois-Karjalassa on yhteensä 12 974 saarta, joiden yhteenlaskettu pinta-ala on noin 614 km². Maakunnassa eniten saaria on Ilomantsissa (1 573), Lieksassa (1 526), Heinävedellä (1 453), Joensuussa (1 271) ja Kiteellä (1 234). Maakunnan suurimmat saaret ovat Oravisalo, Varpasalo, Paalasmaa, Niinisaari ja Suitsansaari.
Pohjois-Karjalan saaristoalueen laajuus SYKEn saaristoalueluokituksen mukaan on 4 839 km2. Tästä hieman yli puolet (51 %) on sisäsaaristoa ja reilu kolmasosa (38 %) taas saaristomaisia manneralueita. Välisaaristoon kuuluu reilu kymmenesosa (11 %).
Saaristoalueet sijoittuvat erityisesti Heinävedelle, Lieksaan, Kiteelle, Liperiin, Rääkkylään ja Juukaan. Lisäksi saaristoalueita on seuraavien kuntien alueella: Ilomantsi, Nurmes, Polvijärvi, Outokumpu, Joensuu ja Kontiolahti.